Ул 1923 йылдың 11 мартында Мәләүез районы Дәүләтҡол ауылында крәҫтиән ғаиләһендә донъяға килгән. 1934 йылда башланғыс мәктәпте, 1937 йылда Нурдәүләт тулы булмаған урта мәктәпте тамалай. Хәҙерге Юлдаш урта мәктәбен Маҡтау грамотаһы менән тамамлай. Шул уҡ йылда Стәрлетамаҡ башҡорт педагогия училищеһына уҡырға инә. Уны тамамлағас, Арыҫлан һәм Ҡотош мәктәптәрендә уҡытыусы булып эшләй. 1940-1946 йылдарҙа Совет Ҡораллы Көстәре сафында хеҙмәт итә, Бөйөк Ватан һуғышында ҡатнаша.
1946 йылда лейтенант Зәйни Рафиҡов запасҡа сыға. Башта Мәләүез эшселәре ҡасабаһында мәктәп директоры булып эшләй, 1948 йылдың сентябрендә район партия комитетының пропаганда һәм агитация бүлеге мөдире итеп тәғәйенләнә.1947 йылдан алып Стәрлетамаҡ уҡытыусылар институтының тарих бүлексәһендә ситтән тороп уҡый башлай. 1949 йылдың аҙағында запастағы офицер Рафиҡовты яңынан Совет Ҡораллы Көстәре сафына саҡыралар. 1952-1956 йылдарҙа ул В.И. Ленин исемендәге хәрби-сәйәси академияның журналистика факультетында уҡый, уны тамамлағас, дивизия, округ һәм ғәскәри төркөм гәзиттәрендә эшләй, сәйәси хеҙмәткәр һәм хәрби педагог булып хеҙмәт итә. 1958-1964 йылдарҙа Венгрия халыҡ Республикаһында оҙайлы командировкала була. 1969 йыл аҙағында хаҡлы ялға сыға. 1970-1989 йылдарҙа Башҡортостан дәүләт телевидение һәм радио тапшырыуҙар комитетында өлкән инженер, өлкән редактор һәм “Башҡортостан эфиры” гәзитенең яуаплы редакторы вазифаһын башҡара. Әҙәби ижад менән Зәйни Рафиҡов бала сағынан уҡ шөғөлләнә башлай. Быға бәлки ғаиләләге китап уҡытыу култы сәбәп булғандыр. Малайҙы атаһы Фәсхетдин Хөббөтдин улы башҡорт һәм урыҫ телдәрендәге китаптарҙы яратып уҡый, район, республика гәзиттәренә даими яҙыла торған була. Өс ағаһы, ике апаһы ла уҡырға әүәҫ була. Әсәһе Бибиғәзизә Зөлфәҡәр ҡыҙы ла өлөшөнә төшә торған буш минуттарҙа ҡулына дини йәки донъяуи китаптар алырға тырыша.
Яҙырға ынтылышҡа беренсе этәргесте уға, моғайын, уның 1933 йылда ауылдашы, Киров исемендәге Хәрби медицина академияһы врачы Ғайса Йосоповтың уҡыусылар һәм йәштәр менән осрашыуында ҡатнашыу биргәндер. 1932 йылда “Төҙөгәндә” исемле шиғырҙар йыйынтығы баҫтырыла, бер аҙҙан “Бәрүәз һәм йорт ҡуяндары” ҡулъяҙмаһын тапшыра. Яҡташтары хаҡында “Мәләүезем - ғәзиз ерем” тигән документаль китап сығара. Замандаштары хәтерендә Зәйни Рафиҡов әҫәрҙәре илһөйәрлек, тыуған яҡҡа һөйөү менән һуғарылған талантлы, сағыу публицист булараҡ та ҡалды. Ул Совет Армияһы һалдаттары һәм офицерҙарының – Ватанды һаҡлаусыларҙың тормошо тураһында бик күп яҙа. Тәүгеләрҙән булып Александр Матросовтың үлемһеҙ батырлығын ҡабатлаған Миңлеғәле Ғөбәйҙуллиндың героик яҙмышы хаҡында, яуҙа штурмда ҡатнашҡан яҡташтарыбыҙ тураһында ҙур очерктар, иҫтәлектәр ҡалдыра.
Кисә шағир, журналист Зәйни Рафиҡовтың тыуыуына 100 йыл айҡанлы уның тыуған яғында иҫкә алыу сараһы үтте.